Afin d'identifier les agents infectieux responsables des diarrhées aigues chez les enfants de 0 à 5 ans, dans le but de mieux les prendre en charge, nous avons mené une étude prospective transversale au Centre Hospitalier Universitaire Pédiatrique Charles de Gaulle du 01 janvier au 30 novembre 2009. Un échantillon de 103 selles d'enfants hospitalisés pour diarrhée aigue a été analysé. L'âge moyen des patients était de 9,5 mois et la tranche d'âge la plus touchée était celle de 0 à 12 mois. Plus de la moitié des cas de diarrhées (60,2 %) avaient une étiologie infectieuse dont 33% d'étiologie virale, 21,4 % bactérienne, 9,7% parasitaire et dans 9,7 % des cas il y avait une co-infection. Dans les diarrhées virales, les rotavirus ont été observés dans 17,5 % des cas et les adénovirus serotypes 40, 41 dans 15,5 % des cas. Les bactéries isolées étaient représentées essentiellement par Escherichia coli entéropathogène (21 cas). Cette bactérie avait une forte résistance à l'amoxicilline, au cotrimoxazole (90 %) ainsi qu'à l'amoxicilline+Acide clavulanique (57 %). La prépondérance du rotavirus dans l'étiologie des diarrhées aiguës de l'enfant de 0 à 5 ans commande la promotion de la vaccination contre cet agent infectieux. Par ailleurs l'inefficacité des pénicillines du groupe A et du cotrimoxazole contre la plupart des bactéries isolées interpelle les prescripteurs à la rationalisation de l'antibiothérapie dans les diarrhées des enfants.