La détermination des concentrations de thyroxine libre (T4 libre) et de thyrotropine (TSH), chez 177 nouveaux nés âgés de 0 à 7 jours à Cotonou au Bénin a permis d'établir le profil de perturbations thyroïdiennes néonatales. L'état thyroïdien immunitaire a été mis en évidence par le dosage des anticorps anti thyroglobuline (Ac Anti Tg) et Anticorps anti Thyroperoxydase (Ac Anti TPO). La prévalence du dysfonctionnement de la glande thyroïde chez les nouveaux nés a été de 28% d'hypothyroïdie et 2,25 % d'hyperthyroïdie. Parmi les hypothyroïdiens, on note une hypothyroïdie franche de 53%, une hypothyroïdie primaire de 25%, une hypothyroïdie secondaire de 20% et une hypothyroïdie indéterminée de 2%. Aussi 73,33% des hypothyroïdiens présentent-ils un taux d'anticorps anti thyroglobulines supérieur au seuil de la normalité et 41,18% des euthyroïdiens, un taux élevé d'anticorps anti thyroglobulines. Ceci a permis de suggérer une thyroïdite lymphocytaire. Les résultats des travaux ont montré l'apparition des affections thyroïdiennes néonatales par une l'hypothyroïdie très prononcée. Celle-ci est probablement due à un transfert de l'anticorps anti thyroglobuline d'origine maternelle vers le fœtus pendant la gestation.